Pelabuhan Pomako terletak di Kampung Pomako Distrik Mimika Timur Kabupaten Mimika tepatnya pada Kordintat 4°46’25” LS dan 136°46’33” BT. Pelabuhan Pomako merupakan aset Kementerian Perhubungan yang di bangun menggunakan dana APBN dan selesai pada tahun 2008 hingga 2015 dengan 8 tahap. Pelabuhan ini masih beroperasi dan dikelola oleh Dinas Perhubungan Kabupaten Mimika namun belum terdapat UPT di pelabuhan Pomako. Pengoperasian dari pelabuhan pomako melayani jalur pomako-agats-eci dan sebaliknya. Rute tersebut dilayani oleh KMP Kokonao.

Terdapat 2 rute pelayaran yang dilayani dari Pelabuhan Penyeberangan

Pomako, yaitu Mimika-Agats dan Agats Eci