Pelabuhan Penyeberangan Mokmer terletak di Kabupaten Biak, Provinsi Papua dan memiliki luas 13.969,446 m2. Pelabuhan ini dibangun pada tahun 2002 dengan menggunakan dana APBN dan merupakan aset milik Kementerian Perhubungan.

Pelabuhan Penyeberangan Mokmer saat ini beroperasi melayani rute perjalanan sebanyak 3 lintasan yaitu Biak-Manokwari (PP), Biak Yapen-WarenNabire (PP) dan Biak-Teba-Bagusa-Trimuris Kasonaweja (PP). Lintasan tersebut masing-masing dilayani oleh KMP. Kasuari Pasifik IV, KMP. Masirei dan KMP. Mamberamo Foja.