Pelabuhan Penyeberangan Kelapa Lima terletak di Kabupaten Merauke, tepatnya di Distrik Merauke, Provinsi Papua. Pelabuhan ini terletak pada titik kordinat 8°28’34.80” LS dan 140°25’9.83” LE.
Pelabuhan ini dibangun pada tahun 2011-2014 dengan melaluai 4 tahap pembangunan dan menggunakan dana APBN. Pelabuhan ini memiliki luas bagian sisi darat 13.020 m² dan hanya dapat di sandari 1 kapal dengan kapasitas 1200 GT (grose tonnage). Pada tahun 2014 pelabuhan penyeberangan Kelapa Lima sudah diserahterimakan operasionalnya kepada Pemerintah Daerah Kabupaten Merauke